体育系建立了“体育文化研究基地”、“学生体质健康监测中心”、“运动健康工程中心” 、“运动认知心理学实验室”等科研平台和实验室。现已形成了体育锻炼与身心健康、大学校园体育文化、高校体育发展战略、学生体质健康促进、运动干预慢病、民族传统体育养生理论与方法等主要研究方向。近五年来，在国际SSCI/SCI收录高水平期刊和体育学CSSCI期刊发表论著70余篇，获得省部级奖项5项，获批国家级科研项目7项，省部级科研项目多项。近年，研究生在学研究成果突出，多名研究生以第一作者在SSCI/SCI和CSSCI收录期刊发表高质量学术论文。
体育文化研究基地
在国家体育总局体育文化中心的关心和支持下，上海交通大学体育文化研究基地于2008年挂牌成立。体育文化研究基地的建立，响应和落实十七大提出的“推进社会主义先进文化大发展大繁荣”的规划，弘扬中国体育文化、促进高校体育学科发展。
上海交通大学体育文化研究基地的主要研究方向包括：校园体育文化、群众（社会）体育文化、健康管理文化和海派体育文化等。
学生体质健康监测中心
上海交通大学学生体质健康监测中心以促进大学生体质健康为目标，负责组织开展我校大学生体质测试、数据整理分析、体质健康评估等工作。在大学生体质健康监测、体力活动水平测评、运动锻炼行为、久坐行为、生活方式、身心健康等方面开展应用研究。通过大数据分析和挖掘，为切实提高我校大学生体力活动水平和运动参与，促进大学生体质健康状况提供科学参考依据和建议。
运动健康工程中心
上海交通大学运动健康工程中心对接国家“人口健康”战略，以师生体质健康为主线，从运动促进健康的视角，利用交大医学、生物、工科和管理学科的优势，搭建多学科交叉运动促进健康科研和服务平台。
目前，运动健康工程中心实验室主要的设备仪器包括Inbody体成分测试仪、Hologic 双能X射线体成分（骨密度）测试仪、K5能量代谢测试仪，Rodby专业运动跑台、Monark有氧和无氧功率车、无线遥测肌电和心电及脑电测试仪、肌力测试仪、ActiGraph体力活动监测仪、Suunto心率监测表、糖尿病风险评估仪、四肢血压测量仪等。
运动认知心理学实验室
运动认知心理学实验室主要开展运动科学与脑科学和心理学交叉学科的前沿研究，注重研究的前瞻性和学科交叉性。主要研究方向包括运动员道德行为脑机制、运动员脑功能和认知特征、运动促进认知功能的脑机制、运动与睡眠、认知系统的干扰效应研究、体育公共政策执行与传播的神经机制研究、脑-肌肉交互机制研究等。
目前，除运动研究领域常规的仪器设备外，实验室拥有NIRX近红外脑功能成像仪，BP事件相关电位仪（ERP），睡眠监测仪等认知神经科学领域的重要研究设备。
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